Vào ngày 22 tháng 2 năm 2020, Hàn Quốc đã xác nhận 231 trong số 433 ca nhiễm COVID-19 từ nội bộ giáo phái Shincheonji.[6] Lee gọi coronavirus là "hành động của quỷ" nhằm ngăn chặn sự phát triển của giáo phái, nhưng ông cũng đã hủy bỏ tất cả các cuộc tụ họp của tín đồ. Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh Hàn Quốc cho biết, việc tụ tập những tín đồ của tôn giáo này trong các khu vực lân cận để thực hiện các mục vụ tôn giáo có thể đã góp phần vào sự lây lan nhanh chóng của căn bệnh này.[7]

Ngày 1 tháng 3 năm 2020, một chức sắc từ giáo phái này cho biết. Lee Man-hee, thủ lĩnh của Shincheonji (Tân Thiên Địa), được xét nghiệm kiểm tra nhiễm nCoV trong ngày. Trước đó, Tân Thiên Địa cho hay Lee đã tự cách ly tại nhà riêng ở tỉnh Gyeonggi, gần thủ đô Seoul.[8]